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火山图绘制笔记

替换文本

先用notepad++去替换需要更换的文本

查找需要替换的文本左侧 → [[[ 需要替换的文本右侧 → ,,,

提取文本: Excel中使用公式 =MID(S2,FIND("[[[",S2)+3,FIND(",,,",S2)-3-FIND("[[[",S2))

提取位置: Excel中使用公式 =MID(H2,FIND("[",H2),FIND("]",H2)+1-FIND("[",H2))

强制合并: Excel中使用公式 =R2&S2

层次聚类分析

工具Mev

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STEM: 基因表达趋势分析工具

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导入数据

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#默认写法
test<-read.table("C:/Users/admin/Desktop/test.txt",header = F)

pheatmap()绘制热图

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ubdata <- read.csv("D:/Database/Desktop/e.csv", header = T, row.names = 1)
# clustering_method参数设定不同聚类方法,默认为"complete",可以设定为'ward', 'ward.D', 'ward.D2', 'single', 'complete', 'average', 'mcquitty', 'median' or 'centroid'
pheatmap(ubdata,clustering_method = "average")

K聚类分析

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library(factoextra)
df <- scale(USArrests)
fviz_nbclust(df, kmeans, method = "wss")
geom_vline(xintercept = 4, linetype = 2)
set.seed(123)
#利用k-mean是进行聚类
km_result <- kmeans(df, 4, nstart = 24)
#查看聚类的一些结果
print(km_result)
#提取类标签并且与原始数据进行合并
dd <- cbind(ubdata, cluster = km_result$cluster)
head(dd)
#查看每一类的数目
table(dd$cluster)
#进行可视化展示
fviz_cluster(km_result, data = df,
palette = c("#2E9FDF", "#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"),
ellipse.type = "euclid",
star.plot = TRUE,
repel = TRUE,
ggtheme = theme_minimal()
)
Author: Jie
Link: https://blog.jiehua1995.xyz/post/Volcano_Plot_Note/
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